Para que los impuestos se apliquen automáticamente, según la tabla configurada en WooCommerce>Ajustes>Impuestos debes configurar la geolocalización, ahora WooCommerce obliga a usar Maxmind con API.

Tienes un tutorial aquí mientras no actualizo el curso: https://www.enriquejros.com/woocommerce-geolocalizacion-maxmind/